话说盘古开天辟地之初,世界仍处于蛮荒未明之际,女娲神乃是当时唯一生物,因感觉寂寞,于是捏土为人、撮泥为兽,于焉万物始生。然女娲所造之高智能生物中,又大致可分成两类:

        一类较易学习应用周遭环境的任何器物,或直接取用、或加以改良,以应付身旁诸多困难之事,它们自称为人类。另一类擅长发挥自身能力,或为魔法、或为蛮劲。外貌不尽相同,它们被人类称为妖魔。

 
        长久以来,两类族人渐成势力,结党斗争,自黄帝与蚩尤之战后余波不断,后来人类运用了高超的铸剑技术,造出了一柄无比神奇的神兵利器,以黄帝之姓命名为「轩辕剑」。拥有此剑的一位无名侠士利用此剑斩妖除魔,并领导人类对抗妖魔族,被尊称为轩辕剑侠。由于轩辕剑的出世,使得妖魔族顿时气焰大消,为了找出对付轩辕剑的技巧而寻求对策,最终因意见相左而分成主战及主和两派。主和派的妖魔派出了使者与人类谈合,从此互不侵犯;而主战派的妖魔则主张对抗轩辕剑侠,非得消灭人类不可。主和派的领导者被人称为「善神」,而主战派的领导者则被称之为「恶神」。

 
        然而,就在距今十多年前,原本与人类相近的善神一派,竟与恶神连手向人类展开一场大侵略,被善神出卖的人类全力抵抗,但大多数的人和妖魔在此一战中同归于尽。善神、恶神与轩辕剑侠,亦在此役完结后下落不明、生死未卜……
十七年后,一位年轻小伙子,在其亦父亦师的老师傅扶养之下长大了,这位老师傅将所学尽传于他,并让他在十七岁时下山,要他至江湖中历练一番。
年轻人下山后,发现自十七年前人魔大战之后,人类与妖魔的势力均消长许多,也和平相处了好一段日子。然而好景不常,就在几年前,人类初现了一个以轩辕剑侠为膜拜对象的帮派——轩辕帮。该帮的宗旨在于承继轩辕剑侠毕生斩妖伏魔的誓愿,见妖就斩、见魔就砍,因此打破了人魔势力的均衡,妖魔族的生存空间大受威胁。此时一位自称「恶神」的妖魔为了维护人魔的均势挺身而出。「它」的初现,同时也给大地带来了一些前所未见、凶猛残暴的妖魔与妖兽,「恶神」纠众盘踞于火焰山区,俨然与人类轩辕帮形成对恃的局面。
 
 
        主人公何然,原本过着与世无争的日子,却因为某种巧合而被卷入一场人魔之战中(见轩辕剑一代情节),也因此得知自己是轩辕剑侠的后代,开始追查当初人魔大战的经过,同时探究这名恶神的真实身份。

 
        何然在旅途中遇见了年纪与自己差不多,且满怀正义之心的年轻黑衣侠——杨坤硕,接着又认识从小在凤凰塔长大,且被妖咒附身的美丽小姑娘-江如红,三人在机缘之下巧遇,又难得年纪相当,于是便结伴同行,共闯江湖。《轩辕剑》故事于焉展开……